L'organizzazione e il funzionamento dell'Azienda sono rivolte ad assicurare, nel rispetto degli obiettivi indicati dalla programmazione nazionale e regionale, l'erogazione delle prestazioni essenziali ed appropriate, lo sviluppo del sistema di qualità aziendale, la massima accessibilità ai servizi per i cittadini, l'equità delle prestazioni erogate, il collegamento con le organizzazioni sanitarie operanti nel territorio e con le associazioni di volontariato, nonché l'ottimizzazione e l'integrazione delle risposte assistenziali.
Il perseguimento di tali obiettivi si realizza anzitutto attraverso l'ascolto dei bisogni del cittadino, in un costante impegno volto ad interpretare la domanda assistenziale e ad adeguare l'offerta dell'Azienda alle effettive necessità dell'utenza.
In quest'ottica si inserisce la sperimentazione di modelli organizzativi finalizzati al miglioramento dell'efficienza e dell'efficacia, l'implementazione della dotazione tecnica e la promozione dell'aggiornamento del personale ospedaliero, la verifica dei risultati raggiunti sulla base di programmi predisposti dal management aziendale.
L' Azienda Ospedaliera G. Brotzu si caratterizza, nel sistema integrato della Sanità regionale, per la sua forte vocazione all'eccellenza. Essa persegue, in accordo con gli indirizzi regionali, il rafforzamento dei requisiti previsti per le Aziende Ospedaliere italiane ed indicati nel D.L. 30 dicembre 1992 n. 502 attraverso il consolidamento del suo ruolo di riferimento su programmi di assistenza su base regionale ed interregionale, con riferimento specifico al Centro -Sud Italia ed al bacino del Mediterraneo.