Il Collegio Sindacale è nominato dal Direttore Generale.
Il Collegio verifica l’amministrazione dell’Azienda sotto il profilo economico, sull’osservanza della legge, accerta la regolare tenuta della contabilità e la conformità del bilancio alle risultanze dei libri e delle scritture contabili ed effettua periodicamente verifiche di cassa, comunica almeno trimestralmente alla Regione le risultanze del riscontro eseguito, denunciando immediatamente i fatti nel caso vi fosse fondato il sospetto di gravi irregolarità. I componenti del Collegio Sindacale possono procedere ad atti di ispezione e controllo, anche individualmente.
Il Collegio Sindacale dura in carica tre anni ed è composto da tre membri, di cui uno designato dalla Regione, uno designato dal Ministero dell’ Economia e delle Finanze ed uno dal Ministero della Salute. I componenti del Collegio Sindacale sono scelti tra gli iscritti nel Registro dei Revisori Contabili istituito presso il Ministero di Grazia e Giustizia, ovvero tra i funzionari del Ministero dell’ Economia e delle Finanze che abbiano esercitato per almeno tre anni le funzioni di Revisori dei Conti o di componenti dei Collegi Sindacali.